Strukturę Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych im. Fryderyka Chopina tworzą dwie szkoły: Państwowa Szkoła Muzyczna Nr 2 im. Fryderyka Chopina oraz Policealne Studium Jazzu im. Henryka Majewskiego. Trzon Zespołu stanowi PSM II stopnia, natomiast Studium, jako szkoła podlegająca dyrektorowi zespołu i wchodząca w skład wspólnego Zespołu Kierowniczego oraz wspólnej Rady Pedagogicznej, posiada daleko idąca autonomię. Działalnością Studium bezpośrednio kieruje Wicedyrektor ds. Kształcenia Jazzowego i Informatyki, natomiast kadra nauczycielska jest w większości wspólna z Wydziałem Jazzu PSM II stopnia.
Strukturę Państwowej Szkoły Muzycznej II stopnia im. Fryderyka Chopina, wchodzącej w skład zespołu szkół, tworzą wydziały prowadzące dydaktykę w różnych kierunkach kształcenia. Jest ich pięć: Wydział Instrumentalny, Wydział Wokalno-Aktorski, Wydział Wokalno-Estradowy, Wydział Rytmiki oraz Wydział Jazzu. Strukturę wydziałową uzupełnia Międzywydziałowa Sekcja Przedmiotów Ogólnomuzycznych, zajmująca się kształceniem w zakresie klasycznej teorii muzyki na wszystkich wydziałach, włącznie z Wydziałem Jazzu i Wydziałem Wokalno-Estradowym. Uzupełnieniem kształcenia w zakresie teorii muzyki jazzowej na Wydziale Jazzu oraz teorii muzyki estradowej na Wydziale Wokalno-Stradowym wydziały te zajmują się wewnętrznie, w ramach swoich struktur. Policealne Studium Jazzu – jako szkoła dla uczniów posiadających już dyplom szkoły muzycznej II stopnia –zarówno praktycznie jak i teoretycznie, w sposób wysoce wyspecjalizowany zajmuje się jazzem i nie prowadzi kształcenia w zakresie klasycznej teorii muzyki.
Największy z wydziałów PSM II stopnia – Wydział Instrumentalny – dzieli się na sekcje, które kształcą w odrębnych specjalizacjach w zakresie instrumentalistyki. W odróżnieniu od innych wydziałów, kierowanych przez kierowników wydziałów, Wydział Instrumentalny podlega bezpośrednio Dyrektorowi ZPSM. W strukturę Wydziału Instrumentalnego wchodzi siedem Sekcji, w tym Sekcja Fortepianu Obowiązującego, kształcąca większość uczniów szkoły, a zatem pełniąca funkcję międzywydziałową, oraz Sekcja Kameralistyki, kształcąca instrumentalistów, a więc pełniąca funkcje międzysekcyjną.
Dla przejrzystości organizacyjnej Szkoły w strukturę wydziałową wchodzą także cztery duże zespoły – dwa chóry i dwie orkiestry. Dwa z tych zespołów – chór szkolny i orkiestra szkolna – mają charakter dydaktyczny i stanowią strukturalne podstawy tradycyjnych form kształcenia. Dwa pozostałe – orkiestra barokowa i chór kameralny – są wyjątkowymi, specjalistycznymi formami działalności dydaktyczno-artystycznej, opartymi na wspólnej praktyce wykonawczej uczniów, nauczycieli i zapraszanych muzyków profesjonalnych.