Klasa instrumentów dętych była pierwszą klasą instrumentalną otwartą w Szkole, jeszcze w XIX wieku. Powstała w 1888 roku, po pięciu latach działalności nowopowstałej placówki. Wcześniej szkoła przy Warszawskim Towarzystwie Muzycznym prowadziła wyłącznie klasy wokalne. Co ciekawe – kolejnymi klasami instrumentalnymi, które powstały po klasie instrumentów dętych, była założona dopiero w 1892 roku, a więc po czterech latach, klasa wiolonczeli i w 1994 roku, po sześciu latach – klasa organów. Na założenie przez dyrektora Bolesława Domaniewskiego klas fortepianu i skrzypiec Szkoła musiała czekać jeszcze niemal 10 lat, aż do 1903 roku. Rozwój klas instrumentów dętych następował bardzo szybko. Po przekształceniu szkoły w Wyższą Szkołę Muzyczną im. Fryderyka Chopina w 1919 roku placówka prowadziła już klasy wszystkich instrumentów dętych, które z założenia kształciły muzyków dla Filharmonii Warszawskiej. Wtedy też, ze względu na konieczność koordynacji działań pedagogicznych, wykształcił się w szkole dział instrumentów dętych, który aż do wybuchu wojny podlegał stałemu rozwojowi.
Po zamknięciu szkoły przez okupanta w 1942 roku przez ponad dwa lata lekcje odbywały się w warunkach konspiracyjnych. We wrześniu 1944 roku, jeszcze podczas trwania Powstania Warszawskiego, wraz z ponownym rozpoczęciem działalności szkoły po praskiej stronie Wisły, reaktywowały się klasy fletu i klarnetu. Po wojnie, wraz z wprowadzaniem zmian strukturalnych Szkoły w 1949 roku, stopniowej reaktywacji podlegał cały dział i powstawała Sekcja Instrumentów Dętych. Pełne spectrum specjalizacji Sekcja osiągnęła w końcu lat sześćdziesiątych. W jej skład weszły klasy niemal wszystkich instrumentów dętych drewnianych i blaszanych. Początkowo pod strukturę Sekcji podlegały także klasy akordeonu, gitary i perkusji.
Na przełomie lat 60-tych i 70-tych sekcją kierował puzonista Orkiestry Symfonicznej Filharmonii Narodowej Antoni Skrybant; na początku lat 80-tych jego następcą został waltornista Stanisław Selmaj, również członek orkiestry Filharmonii Narodowej. W 1989 roku nastąpiły w szkole przemiany, które pociągnęły za sobą odłączenie od Sekcji Instrumentów Dętych innych specjalizacji instrumentalnych. W 1993 roku kierownikiem Sekcji został saksofonista Radosław Mleczko, który otworzył w szkole świetnie rozwijająca się klasę saksofonu. Radosław Mleczko, pełniąc przez pięć lat funkcję kierownika Sekcji, a także wicedyrektora Szkoły, ostatecznie zreformował Sekcję do jej obecnego kształtu. Kolejna zmiana kierownictwa Sekcji nastąpiła w 1998 roku, kiedy funkcję tę objął klarnecista Romuald Gołębiowski.
Wspólną cechą działań kolejnych kierowników Sekcji Instrumentów Dętych od początku lat 70-tych jest budowanie kadry nauczycielskiej składającej się z wybitnych muzyków Filharmonii Narodowej, Teatru Wielkiego – Opery Narodowej oraz Orkiestry Polskiego Radia. W ostatnich latach taki dobór kadrowy systematycznie wzbogacany jest o pedagogów będących jednocześnie wykładowcami akademickimi. Poza kierownikiem Sekcji, wybitnym nauczycielem klarnetu w Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina dr hab. Romualdzie Gołębiowskim, w skład kadry wchodzą między innymi flecistka, wykł. Hanna Turonek, tubista, wykł. Arkadiusz Więdlak, saksofonistka, dr Alina Mleczko oraz klarnecista, dr Zenon Kitowski.
Jedną z najważniejszych dziedzin działania Sekcji Instrumentów Dętych jest organizowanie kursów, warsztatów i wykładów wybitnych wirtuozów i uznanych pedagogów swoich specjalności z kraju i zagranicy. W kilku ostatnich latach zajęcia takie prowadzili goście z uczelni z Austrii, Włoch, Niemiec , Szwajcarii i USA. Uczniowie Sekcji biorą czynny udział w życiu artystycznym Szkoły regularnie występując w koncertach nie tylko jako członkowie szkolnej orkiestry symfonicznej, ale też jako kameraliści i soliści. Absolwenci Sekcji z powodzeniem zdają egzaminy wstępne na wyższe uczelnie muzyczne w kraju i za granicą.
W zakładkach poświęconych instrumentom dętym drewnianym i instrumentom dętym blaszanym przedstawiona jest kadra nauczycielska Sekcji.